Die Geodatenverwaltung umfasst sowohl die bereits oben adressierten Aspekte der Datenmodellierung als auch die konkrete Umsetzung der Datenstrukturen in der Datenbank sowie die Bereitstellung von Methoden zur Manipulation dieser Daten (anlegen, einfügen, löschen, ändern von Datensätzen etc.). Die in den Karten, Karteien und anderen Sammlungen vorhandenen Informationen müssen im Anwendungskontext beschrieben und in strukturierter Form abgelegt werden. Jedes Geoobjekt wird im GIS durch seine Komponenten beschrieben. Dementsprechend muss das GIS in der Lage sein, die reale Welt sowohl geometrisch-topologisch, thematisch und temporal zu modellieren, mit Metadaten anzureichern und in Datenbanken abzubilden. Eine umfassende Übersicht findet sich in Bill, 2016, Kapitel 6.
Für die Verwaltung von Vektordaten nutzen heutige GIS überwiegend (objekt-)relationale Datenbanken, die um Funktionen zum Umgang mit Geometrien erweitert sind. Diese Datenbanken unterstützen dann das Abspeichern der Koordinaten von Punkt-, Linien- und Polygongeometrien sowie die Berechnung von räumlichen Indizes zum schnellen Zugriff auf die Geometrien. Aus Nutzersicht stellen sich die Geometrien dann als ein weiteres Attributfeld neben thematischen und temporalen Attributen in den Tabellen zur Verwaltung der Geoobjekte dar. Weiterhin können spezielle Tabellen zur Verwaltung der topologischen Beziehungen innerhalb und zwischen den Geoobjekten angelegt werden.
Die Verwaltung raumbezogener Daten stellt aus der Sicht der Informatik eine Nichtstandardanwendung von Datenbankmanagementsystemen (DBMS) dar. Standardanwendungen von DBMS sind überwiegend im Lohn- und Bankwesen zu sehen, in der Materialbestellung und der Produktion (Stücklistenerstellung etc.), wohingegen als Nicht-Standardanwendungen die Bereiche des CAD, der Geo-Informationssysteme und des Leiterplattendesigns gelten (Bill, 2016, S. 435 ff.). Datenbanksysteme, die die Speicherung von Geodaten und Geoobjekten sowie die Bearbeitung räumlicher Anfragen auf diesen in hinreichender Weise unterstützen, werden räumliche Datenbanksysteme oder auch Geodatenbanksysteme (engl. Spatial Database Systems) genannt.
Ein Geodatenbanksystem muss nach Brinkhoff (2013) eine Reihe von Fähigkeiten besitzen, die heute i. d. R. in objektrelationalen Datenbanken mit räumlichen Erweiterungen zur Verfügung stehen (vgl. Bill, 2016, S. 444 ff.):