Die Überwachung und der Schutz der Umwelt ist eine Querschnittsaufgabe. Herkömmliche monothematische Informationssysteme ohne räumlichen Bezug versagen zumeist, da es darauf ankommt, eine Vielzahl fachspezifischer Daten über die Lage miteinander zu verknüpfen. Erst durch diese Verknüpfung entstehen neue und aussagekräftigere Informationen zum komplexen System Umwelt. Die meisten planerischen Maßnahmen können durch die Integration in ein GIS mit seinem Datenbestand sehr vielseitig unterstützt werden. Dies reicht von der rechtlichen Seite (Liegenschaftskataster) über die gestalterische Seite (Stadt- und Landschaftsplanung) bis zum umweltbeeinflussenden Aspekt (Umweltverträglichkeitsprüfungen (UVP)). Untersuchungen raumwirksamer Planungen, ökologische Gesamtplanungen oder UVP mit ihren Bewertungen des Beeinträchtigungsrisikos für einzelne Faktoren des Naturhaushaltes lassen sich nur durch Verknüpfung aller vorhandenen Daten realisieren. Zur Verwaltung, Bereitstellung, Analyse und Visualisierung der Daten eignet sich ein GIS bestens. Daneben gehört auch das sogenannte Umweltmonitoring als Fachaufgabe mit dazu, d.h. die Überwachung der Umwelt und der sie beeinträchtigenden Faktoren wie Verkehr, Landwirtschaft, Industrie u.a. mittels Fernerkundungsmethoden oder Geosensornetzwerken. Modelle zum Monitoring von Lärm- und Schadstoffausbreitungen (Strömungs- und Ausbreitungsmodelle) nutzen neben Messdaten ebenfalls im GIS aufbereitete Daten zur Parametrisierung der Geländehöhen, der Vegetationssituation oder der Bebauungsstruktur. Entsprechende raumzeitliche Modelle erlauben darüber hinaus auch Simulationen (z. B. Überflutungsszenarien, Schadstoffausbreitungen) zur Unterstützung des Katastrophenmanagements oder der Abschätzung der Effekte unterschiedlicher Planungsvarianten.
Der Aufbau von Umwelt-Informationssystemen hat als wesentliche Ziele die Umweltbeobachtung, die Unterstützung der Umweltvorsorge, die Sanierung von Umweltschäden und die Reaktion auf Umweltunfälle. Für alle diese Aufgaben bedarf es raumbezogener Daten als Dokumentations- und Entscheidungsgrundlage. Anwendungen von UIS reichen daher von der Erfassung von Radioaktivität über die Kartierungen von Biotopen und Artenvielfalten bis hin zur Ableitung von Lärmbelastungen und Gewässergüten. UIS werden auf internationaler, Bundes-, Landes- und kommunaler Ebene ebenso wie in privaten Unternehmen (Betriebliche UIS) aufgebaut. Auf kommunaler Ebene, beispielsweise, reichen die zu bearbeitenden Umweltthemen von Grünflächen-, Baum-, Friedhofs-, Biotop-, Boden- und Altlastenkatastern bis hin zu Brunnen-, Grundwasser- und Gewässerkatastern.